Šponer Jiří

prof., RNDr., DrSc.
Born March 2, 1964 in Brno

  • Molecular Biophysics and Computational Chemistry
  • Member of Learned Society since 2006

Educational and professional preparation:

  • 1987, Master degree (RNDr), Physics, Faculty of Science, Masaryk University, Brno 
  • 1992, CSc. (eq. PhD), Biophysics, Faculty of Science, Masaryk University, Brno 
  • 2001, DrSc. (Doctor of Science), Biophysics/Molecular Biology, Academy of Sciences of the Czech Republic

Employment and academic positions: 

  • 1988–1989, Scholarship, Masaryk University, Faculty of Science, Masaryk University, Brno (including one-year army service).
  • 1989–1992, Postgraduate student, Faculty of Medicine, Masaryk University, Brno.  
  • 1992, Scholarship, assistant professor, Masaryk University, Faculty of Science, Brno.
  • 1993, Junior researcher, Institute of Biohysics, Academy of Sciences of the Czech Republic, Brno 
  • 1994–2003, Researcher and Senior Research, J. Heyrovský Institute of Physical Chemistry, Academy of Sciences of the Czech Republic, Prague (part time 2001–2003).  
  • 2001-present: Senior Researcher and Head of Laboratory of Structure and Dynamics of Nucleic Acids, Institute of Biophysics, Academy of Sciences of the Czech Republic, Brno. 
  • 2004-present: (part time) Senior researcher, Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, Academy of Sciences of the Czech Republic, Prague.

Membership in selected domestic scientific bodies:

  • Member of the Scientific Council of the Institute of Biophysics, AS CR, Brno. Since 2001

Notable awards:

  • 1999, Prize od the Learned Society of the Czech Republic for junior scientists
  • 2000, Prize of the Ministry of Education of the Czech Republic

Selected publications:

  • Šponer J., Hobza P.: Nonplanar geometries of DNA bases. Second order Moller-Plesset study. J. Phys. Chem. 98, 1994, 3161-3164.
  • Šponer J., Leszczynski J., Hobza P.: Structures and energies of hydrogen-bonded DNA base pairs. A nonempirical study with inclusion of electron correlation. J. Phys. Chem. 100, 1996, 1965-1974.
  • Šponer J., Leszczynski, J., Hobza P.: On the nature of nucleic acid base stacking. Nonempirical ab initio and empirical potential characterization of 10 stacked base pairs. Comparison of stacked and H-bonded base pairs. J. Phys. Chem. 100, 1996, 5590-5596.
  • Špacková N., Berger I., Šponer J.: Nanosecond molecular dynamics simulations of parallel and antiparallel guanine quadruplex molecules. J. Am. Chem. Soc. 121, 1999, 5519-5534.
  • Hobza P., Šponer J.: Structure, energetics, and dynamics of the nucleic acid base pairs: Nonempirical ab initio calculations. Chem. Rev. 99, 1999, 3247-3276.
  • Štefl R., Cheatham T. E, Špačková, N., Fadrná E., Berger I., Koča J., Šponer J.: Formation pathways  of  a  guanine-quadruplex  DNA  revealed  by  molecular  dynamics and thermodynamic analysis of the substates. Biophys. J. 85, 2003, 1787-1804.
  • Šponer J., Jurečka P., Hobza P.:   Accurate interaction energies of hydrogen-bonded nucleic acid base pairs. J. Am. Chem. Soc. 126, 2004, 10142–10151.
  • Krasovska M. V., Sefcikova J., Špačková N., Šponer J., Walter N. G.: Structural dynamics of precursor and product of the RNA enzyme from the hepatitis delta virus as revealed by molecular dynamics simulations. J. Mol. Biol. 351, 2005, 731-748.
  • Rázga F., Koča J., Šponer J., Leontis N.B.: Hinge-like motions in RNA kink-turns: The role of the second A-minor motif and nominally unpaired bases. Biophys. J. 88, 2005, 3466-3485.
  • Computational studies of DNA and RNA. Šponer J., Lankaš F., Eds., Springer, 2006 

Biofyzikální ústav AV ČR »
Institute of Biophysics, AS CR »

Zpět na seznam článků

Novinky

29.09.21

Krásné společenské stroje: pozvánka na diskusi o umělé inteligenci a algoritmické teorii her

Učená společnost Vás srdečně zve na diskusi "Krásné společenské stroje: umělá inteligence a algoritmická teorie her". Diskutovat bude pět světových expertů: Jiří Matas (ČVUT), Tomáš Mikolov (CIIRC), Martin Schmid (Google DeepMind), Jan Vondrák (Stanford Univ.) a Lenka Zdeborová (École Polytechnique Fédérale de Lausanne). Diskuse se uskuteční 19. 10. 2021 od 16.00 hod. v budově Akademie věd ČR, Národní 3, Praha 1 (místnost 206). Diskusi bude možno sledovat také na YouTube: http://spolecenske-stroje.jdem.cz.

Pozvánka (PDF)

29.09.21

Stříbrná medaile Senátu pro Helenu Illnerovou a Jiřího Grygara

Členové Učené společnosti prof. Helena Illnerová a dr. Jiří Grygar převzali 28. září 2021 z rukou předsedy Senátu PČR Miloše Vystrčila Stříbrnou pamětní medaili. Stříbrná medaile předsedy Senátu se uděluje od roku 2007 osobnostem z řad vědců, umělců, sportovců a dalším osobám, které vynikly ve svých oborech či vykonaly zvláštní čin. Od roku 2012 medaili uděluje předseda Senátu při příležitosti Dne české státnosti, tj. 28. září. Příležitostně může být předána během roku v případě návštěvy významných zahraničních osobností.

16.09.21

Pozvánka ke sledování online přednášky doc. RNDr. Filipa Matějky, Ph.D.: Ekonomie a lidská nepozornost

Učená společnost Vás srdečně zve ke sledování online přednášky doc. RNDr. Filipa Matějky, Ph.D. (CERGE-EI, Praha; Center for Economic and Policy Research, London): Ekonomie a lidská nepozornost. Přednášku je možné sledovat 21. 9. 2021 od 16:00 hod. na YouTube: http://matejka.jdem.cz

Pozvánka (PDF)